在电子信息化时代，计算机软件的保护成为当今知识产权和法律界的一个新难题。软件开发的高投入、软件复制的容易与复制费用极低等特点，使得传统的专利法、版权法和商标法等对软件保护的结果不尽如人意。基于软件著作权的审判实践，在推进软件著作权的保护中以下几个问题值得注意。
一是软件著作权的性质。在信息科学领域，软件是与硬件相对应的一个概念。软件包括系统软件、工具软件、数据文件等，其中系统软件和工具软件是程序，是区别于传统作品而成立的一种具有实用性的新作品；至于数据文件，比如扩展名为doc、pdf、mp3或avi等文件，其实质仍然是传统的文字作品、音乐作品、电影作品等，只不过作品的载体发生了变化。因此，软件这一概念的外延大于程序，是程序的上位概念。著作权法第3条将计算机软件与文字作品、音乐作品、电影作品等并列。基于理论体系的自洽性，软件保护条例第2条不得不特别指出，此处的计算机软件特指程序及有关文档。从某种意义上说，这种做法未尝不可。但其最大弊端在于，与国外进行学术对话和交流时将会存在障碍，毕竟software与programme是两个不同的概念。而软件著作权保护的特殊性更多地体现在其对“程序著作权”的保护上。
二是软件著作权的侵权认定。总体而言，软件著作权的侵权认定与一般财产权利的侵权认定并无本质上的差异。在实务中，主要涉及以下问题：（1）预装盗版软件行为的性质。尽管交易的主要标的是电脑整机（即硬件），但是销售商在机器上预装盗版操作系统和工具软件的行为，毫无疑问减少了软件权人的市场份额，构成侵权，应当承担包括损害赔偿在内的民事责任。从法律适用的角度看，销售商的预装盗版软件行为侵犯了软件权人的复制权和发行权。（2）最终用户侵权的认定。最终用户即是对软件进行功能性使用的人。侵权复制品的善意使用人，应承担停止使用、销毁侵权复制品的责任，但不承担赔偿责任；侵权复制品的恶意持有人对软件进行商业使用的，应承担包括赔偿责任在内的民事责任。
三是软件著作权侵权诉讼中的证据保全。软件具有易卸载、易删除的特点。法律规定证据保全适用条件的核心要件均为：证据可能灭失或者以后难以取得。因此，软件著作权纠纷中是否采取证据保全，以及何时适用证据保全需要特别注意。从广东省东莞市中院处理微软公司诉东莞市动感网络通信有限公司一案看，对于是否裁定证据保全，原则上应当要求当事人自己收集、提供证据；但在实务操作中也要综合考虑当事人是否有能力、有可能取证。此外，证据保全过程应当体现当事人双方的主体参与性。一方面，申请人对软件技术更专业，更清楚如何提取侵权信息和证据；另一方面，证据保全往往会直接影响到被申请人的经营活动，被申请人有权利对证据保全的具体实施方案提出异议和建议，从而尽可能地减小影响和损失。
四是软件著作权侵权损害的赔偿。在司法实践当中，如何确定权利人发行软件复制品的“单位利润”是一个值得研究的问题。这是计算损害赔偿的基准。实践当中，有直接以“软件的市场价格”作为“单位利润”，再乘以侵权复制品的数量，从而得出损害赔偿额。这样处理的依据在于，软件复制品的载体成本很低，可以忽略不计，但这种处理方式值得商榷。这是因为，软件开发者之所以获得著作权的保护，并不在于他们支付了软盘、光盘等这些载体的成本，而在于他们付出了昂贵的开发成本。为了维护公平竞争的市场环境，鼓励软件市场的繁荣，法律有必要对软件开发者赋予权利，加以保护。因此，我们在确定软件权人发行软件复制品“单位利润”的时候，绝不能忽略“开发成本”。此外，软件权人还存在建立销售网络、提供售后服务等不可忽略的成本，可见，不能简单地以软件市场售价作为计算权利人每单位损失的基准，应当扣除各项成本，以平均净利润作为计算单位损失的基准，然后乘以侵权软件的数量，从而得出权利人的损失数额。
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